В умовах захищеного ґрунту, де температура ґрунту вища, процеси розкладання органічної речовини відбуваються значно швидше, ніж у відкритому ґрунті. Для підтримання стабільної родючості тепличні господарства повинні забезпечувати регулярне надходження свіжої органіки.
Органічна речовина в ґрунті відіграє дві ключові ролі: стабільна фракція покращує структуру ґрунту та його вологоутримуючі властивості, тоді як легкорозкладна фракція живить ґрунтову біоту та забезпечує рослини елементами живлення. На легких і піщаних ґрунтах рекомендований вміст органічної речовини становить не менше 5%.
Наприкінці вегетаційного періоду рослинні рештки зазвичай подрібнюють і загортають у ґрунт. Однак, якщо існує ризик поширення бактеріального раку (Clavibacter), фахівці радять вивозити зелену масу за межі теплиці, компостувати її на відкритому повітрі та повертати в ґрунт у вигляді готового компосту.
Перехід на органічні технології у теплицях потребує підготовки ґрунту