До 16% посівів соняшнику заселяють шкідники: геліхризова попелиця, клопи, трипси, цикадки. Подекуди спостерігається ураження гусеницями стеблового (кукурудзяного) метелика, лучного метелика, совок (бавовникової, гамми, капустяної).
Також відмічається розвиток хвороб: білої (стеблова, кошикова) та сірої гнилей, пероноспорозу, септоріозу, іржі, фузаріозу, фомозу, альтернаріозу. Ними уражено до 25% рослин у Вінницькій, Волинській, Дніпропетровській, Житомирській, Запорізькій, Закарпатській, Київській, Кіровоградській, Миколаївській, Одеській, Полтавській, Рівненській, Тернопільській, Черкаській, Чернігівській, Херсонській, Хмельницькій областях.