Через вищу температуру ґрунту в захищеному ґрунті процеси розкладання органічної речовини відбуваються значно швидше, ніж у відкритому. Для підтримання стабільної родючості тепличні господарства мають забезпечити регулярне надходження свіжих органічних решток.
Органічна речовина в ґрунті виконує дві основні функції: стабільна фракція покращує структуру та утримує вологу, а легкорозкладна — живить ґрунтову біоту та постачає рослинам елементи живлення. На легких і піщаних ґрунтах орієнтовний показник вмісту органіки має становити не менше 5%.
Наприкінці вегетації рослинні рештки зазвичай подрібнюють і заробляють у ґрунт. Проте у разі ризику поширення бактеріального раку (Clavibacter) фахівці рекомендують вивозити зелену масу за межі теплиці, компостувати її на відкритому повітрі та повертати в ґрунт вже у вигляді готового компосту.